Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho nhóm quy mô siêu nhỏ là thay đổi ít được nhắc tới nhất trong Nghị định 141/2026/NĐ-CP, dù tác động của nó trải rộng khắp cộng đồng khởi nghiệp công nghệ. Điều 2 của nghị định bổ sung khoản 15 Điều 4 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, văn bản hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.
Theo quy định mới, doanh nghiệp, tổ chức thành lập theo pháp luật Việt Nam có tổng doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống thuộc diện miễn thuế thu nhập doanh nghiệp. Nghị định có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, cùng thời điểm với việc nâng ngưỡng doanh thu không chịu thuế của hộ kinh doanh lên 1 tỷ đồng.
Hai chính sách đi cùng nhau tạo ra một mặt bằng thống nhất. Dù chọn mô hình hộ kinh doanh hay doanh nghiệp, đơn vị có doanh thu dưới 1 tỷ đồng đều đứng ngoài diện nộp thuế trên thu nhập. Sự thống nhất đó xóa bỏ động cơ chọn hình thức pháp lý chỉ vì lý do thuế.
 |
| Doanh nghiệp công nghệ quy mô nhỏ làm thủ tục miễn thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2026 |
Nghị định quy định rõ tổng doanh thu năm làm căn cứ xác định diện miễn thuế thu nhập doanh nghiệp gồm tổng doanh thu từ hoạt động bán hàng và cung cấp dịch vụ, không bao gồm các khoản giảm trừ doanh thu, cộng với doanh thu từ hoạt động tài chính và thu nhập khác.
Số liệu lấy trên Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh kèm theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của kỳ tính thuế năm trước liền kề. Cách xác định đó tránh tranh cãi về việc doanh thu tài chính hay thu nhập bất thường có được tính vào ngưỡng hay không.
Về dòng tiền, doanh nghiệp mới thành lập dự kiến doanh thu không vượt 1 tỷ đồng thì không phải tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp. Doanh nghiệp đã tạm nộp quý I/2026 mà đáp ứng điều kiện miễn thuế cũng không phải tạm nộp các quý tiếp theo, đồng thời được bù trừ hoặc hoàn trả số thuế nộp thừa.
Trường hợp kết thúc kỳ tính thuế mà tổng doanh thu thực tế vượt mức 1 tỷ đồng, doanh nghiệp kê khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định và không phải tính tiền chậm nộp. Quy định vừa nêu loại bỏ rủi ro phạt cho doanh nghiệp ước tính sai doanh thu đầu năm, một lo ngại phổ biến với nhóm khởi nghiệp có doanh thu biến động mạnh.
Nhà làm chính sách lường trước rủi ro rõ ràng nhất của một ngưỡng miễn thuế theo doanh thu, đó là việc chia nhỏ doanh nghiệp thành nhiều pháp nhân để mỗi đơn vị đều nằm dưới mốc 1 tỷ đồng.
Nghị định quy định việc miễn thuế không áp dụng đối với doanh nghiệp thành lập theo pháp luật Việt Nam là công ty con, hoặc công ty có quan hệ liên kết mà doanh nghiệp trong quan hệ liên kết đó không đáp ứng điều kiện miễn thuế. Nói cách khác, một tập đoàn không thể tách bộ phận thành công ty con doanh thu 900 triệu đồng để hưởng miễn trừ.
Với ngành công nghệ, điều khoản đó có ý nghĩa thực tiễn cao. Mô hình vận hành đa pháp nhân phổ biến ở các nền tảng số, nơi một hệ sinh thái có thể gồm công ty vận hành sản phẩm, công ty thanh toán, công ty quảng cáo và công ty phân phối. Cơ quan thuế đã thể hiện cách tiếp cận theo chuỗi giá trị khi đưa cả tầng sản xuất lẫn tầng phân phối của cùng một tập đoàn vào danh sách kiểm tra.
Hệ quả là doanh nghiệp muốn hưởng miễn trừ phải chứng minh mình thực sự độc lập, không nằm trong quan hệ liên kết với đơn vị vượt ngưỡng. Hồ sơ giao dịch liên kết vì thế trở thành phần việc bắt buộc ngay cả với doanh nghiệp quy mô rất nhỏ.
 |
Việt Nam hiện có hơn 1,06 triệu doanh nghiệp đang hoạt động, trong đó 99,4% đã sử dụng dịch vụ khai thuế điện tử tính đến hết tháng 6/2026. Phần lớn trong số đó thuộc nhóm nhỏ và siêu nhỏ, nhóm chịu chi phí tuân thủ thuế nặng nhất tính trên mỗi đồng doanh thu.
Với startup công nghệ giai đoạn đầu, khi doanh thu còn thấp nhưng chi phí phát triển sản phẩm đã lớn, việc miễn thuế thu nhập doanh nghiệp và miễn cả nghĩa vụ tạm nộp theo quý giải phóng dòng tiền ở đúng thời điểm cần nhất. Số vốn giữ lại có thể dồn cho nhân sự kỹ thuật hoặc hạ tầng máy chủ thay vì nằm chờ ở tài khoản tạm nộp.
Chiều ngược lại, chính sách vẫn giữ nguyên nghĩa vụ kê khai và quyết toán. Doanh nghiệp không nộp thuế nhưng vẫn phải nộp tờ khai, vẫn phải có sổ sách kế toán và hóa đơn điện tử hợp lệ. Miễn thuế không đồng nghĩa với miễn minh bạch.
Yêu cầu đó càng rõ khi Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/7/2026. Theo Điều 23, khi có dấu hiệu trốn thuế, cơ quan quản lý thuế truy cập trực tiếp vào dữ liệu phần mềm kế toán, hóa đơn điện tử và máy tính tiền của người nộp thuế để thu thập thông tin phục vụ kiểm tra, thanh tra.
Với doanh nghiệp đang ở sát ngưỡng 1 tỷ đồng, phần việc cần làm ngay là rà soát cấu trúc sở hữu và quan hệ liên kết, xác định mình có thuộc diện loại trừ hay không, đồng thời chuẩn hóa dữ liệu kế toán trước khi cơ quan thuế thực hiện quyền truy cập trực tiếp theo luật mới.
